La Contraloría General de la República encontró en su análisis al trámite del RUNT, veinticinco irregularidades por lo cual emitió un concepto al Ministerio de Transporte considerando una inadecuada planeación.
Según el Contralor General, Julio César Turbay “hemos encontrado algunos hallazgos, como insuficiente control e interventoría al desarrollo del contrato. Por otro lado, problemas con el registro de los pases y de las tarjetas de propiedad. Igualmente con la DIAN para el registro de la venta de los vehículos.
Así mismo, nueve de las irregularidades corresponden a investigaciones disciplinarias, aunque Turbay no descartó que el número pueda aumentar. Todas las investigaciones ya fueron remitidas, mediante una carta, a la Procuraduría General de la Nación.