Por posibles irregularidades en el manejo de la cadena de custodia de una de las pruebas recaudadas por la Armada Nacional, que evidenciaban una supuesta vinculación del contralmirante Guillermo Arango Bacci con el narcotráfico, la Procuraduría abrió investigación disciplinaria contra el entonces comandante de la Armada Nacional, Guillermo Enrique Barrera Hurtado; el contralmirante Álvaro Echandía Durán, en su calidad de Jefe de inteligencia naval; y el Capitán de Navío, Luis Jorge Tovar Neira.

Así mismo, se abrió investigación disciplinaria contra el comandante Barrera Hurtado y el Capitán de Navío, Tovar Neira, para la época de los hechos, por los posibles falsos testimonios que habrían rendido en este caso, ante la Fiscalía General de la Nación.

De acuerdo con la investigación, el documento en el que se evidencia un supuesto pago ilícito al contralmirante Guillermo Arango Bacci, no habría sido entregado de manera inmediata al funcionario judicial competente y no se habría aplicado al documento la correspondiente cadena de custodia que permitiera conservar la identidad y originalidad del elemento.

La Procuraduría ordenó la práctica de varias pruebas para el perfeccionamiento de la investigación.