La Procuraduría General de la Nación formuló pliego de cargos a los entonces almirante Guillermo Barrera Hurtado, contralmirante Álvaro Echandía Durán y el capitán de Navío Luis Jorge Tovar Neira, en sus condiciones de comandante de la Armada Nacional, jefe de inteligencia de la Armada Nacional y jefe de contrainteligencia de la Armada Nacional, respectivamente, para la época de los hechos por las posibles irregularidades presentadas en la cadena de custodia de un documento que hacía referencia a una entrega de dinero de un narcotraficante al contralmirante Gabriel Arango Bacci.
El Ministerio Público investiga al entonces capitán de Navío Tovar Neira porque al parecer habría incurrido en violación de la cadena de custodia de un documento que recibió en su mano de una fuente casual en la ciudad de Cartagena y “que daba cuenta del pago por una operación de narcotráfico que involucraba al contralmirante Gabriel Arango Bacci y por ende como evidencia de una hipótesis delictiva tenía la obligación legal de proceder inmediatamente a poner el hecho en conocimiento de la autoridad competente”.
Señala el pliego de cargos que Tovar Neira habría sometido el documento a varios exámenes dactiloscópicos y documentales y solamente hasta mediados de agosto de 2007 lo entregó a la Fiscalía General de la Nación, luego de que los medios de comunicación señalaran que este documento podría estar relacionado con el proceso de tráfico de posiciones de buques de la Armada Nacional.
Adicionalmente, el entonces capitán de Navío habría incurrido en falso testimonio en la diligencia de declaración rendida bajo la gravedad de juramento el 30 de agosto de 2007 ante la Unidad de Fiscalía Delegada ante la Corte Suprema de Justicia por cuanto no habría dicho la verdad sobre la fecha en la que recibió el citado documento y lo que hizo con éste.
La Procuraduría también elevó cargos disciplinarios al entonces almirante Guillermo Enrique Barrera Hurtado, porque al parecer una vez se enteró de que el capitán de Navío Tovar Neira había recibido el citado documento desconoció la cadena de custodia pues habría ordenado a su subalterno Tovar Neira que hiciera todas las verificaciones posibles sobre la autenticidad de éste, en vez de disponer lo pertinente para conservar la identidad y originalidad del elemento y enviarlo inmediatamente al funcionario judicial competente.
Igualmente, se investiga al entonces contralmirante Álvaro Echandía Durán por cuanto desde el mismo momento en que el documento fue recibido por parte del capitán de Navío Tovar Neira él habría tenido conocimiento de su existencia y de los diferentes dictámenes a que fue sometido, lo que indica que habría omitido guardar la correspondiente cadena de custodia y disponer lo pertinente directamente u ordenar a su subalterno que lo entregara inmediatamente a la autoridad competente.