Luego de que el máximo directivo del Junior de Barranquilla, Fuad Char, le ofreciera un contrato por un año a Giovanni Hernández para que siguiera con el club ‘Tiburón’, el jugador caleño decidió no aceptar y se convierte en el nuevo refuerzo del Deportivo Independiente Medellín, vigente subcampeón del Fútbol Profesional colombiano.
El vallecaucano de 36 años, vuelve luego de 13 años al ‘poderoso’ de la montaña.
Giovanni Hernández hizo sus primeras apariciones en el fútbol profesional colombiano de 1993 con el Once Caldas donde permaneció hasta el campeonato colombiano de 1994. Al siguiente año, arriba al Amèrica de Cali, que en 1996 cayó en la final de la Copa Libertadores ante River Plate de Argentina.
Su carrera continuó en Independiente Medellín hasta el campeonato de 1999. En el año 2000 regresa a la capital del Valle, pero esta vez para jugar con el Deportivo Cali. En esta temporada logra anotar doce goles en el torneo doméstico y luego es transferido en 2003 al Colón de Santa Fe en Argentina, quedándose tres años y pasando al Colo Colo de Chile, durando una temporada y arribando al Junior de Barranquilla, en el que estuvo durante cuatro años.
Junto a Hernández está confirmada la llegada de Efraín Viáfara del Itagüí y Ayron Del Valle del Deportivo Pasto al DIM.