La Fiscalía General de la Nación pidió condenar al juez militar Mauricio Cujar, por haber intentado que el caso del coronel Plazas Vega fuera llevado a la Justicia Penal Militar y no a la ordinaria.

El Mayor Mauricio Cujar llevaba la investigación en contra del coronel Alfonso Plazas Vega por la retoma del palacio de justicia, y según la Fiscalía incurrió en el delito de prevaricato agravado por haber impedido que este caso fuera llevado a la justicia ordinaria.

Cujar en 2009 pidió la competencia para juzgar a Plazas Vega, cuando este ya tenía un proceso en su contra en la justicia ordinaria.